برنامه‌نویسی میکرو‌کنترلرها توسط دو زبان پراستفاده Basic و C انجام شده که هر کدام از این زبان‌ها نیز کامپایلر مخصوص به خود را دارند. BASCOM-AVR یکی از بهترین کامپایلرهای زبان Basic می‌باشد. در نسخه‌های جدید پشتیبانی کامل و رسمی از میکروکنترلر‌های سری XMEGA و اضافه شدن کتابخانه و دستورات مورد نیاز جهت استفاده از این میکروکنترلر‌ها از جمله دستورات مربوط به مبدل دیجیتال به آنالوگ DAC به برنامه اضافه شده است. همچنین این نرم‌افزار از Programmer‌ها و چیپ‌های جدید نیز به خوبی پشتیبانی می‌کند.